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最近,耶魯大學(xué)的一個研究團(tuán)隊,開發(fā)了一種簡單的方法,能明顯降低大規(guī)模基因表達(dá)分析的時間和成本。相關(guān)研究結(jié)果三月二日發(fā)表在Nature旗下子刊《自然方法》(Nature Methods)。該研究團(tuán)隊由耶魯醫(yī)學(xué)院放射治療學(xué)助理教授、醫(yī)學(xué)博士Abhijit Patel帶領(lǐng),他們創(chuàng)建了一種工具,利用新一代高通量DNA測序技術(shù),使我們能夠更容易的同時測量大量細(xì)胞或組織中的基因活性。而DNA被認(rèn)為是生命的藍(lán)圖,知道在不同條件下哪些基因被激活或關(guān)閉,是我們理解生物學(xué)和疾病的基礎(chǔ)。
這種方法稱為模塊化早期標(biāo)記擴(kuò)增(meta)RNA譜,可以在許多樣本中同時量化各種microRNA或mRNA,而且比現(xiàn)有的數(shù)字分析技術(shù)需要更少的測序深度。這種方法可在反轉(zhuǎn)錄過程中分配定量標(biāo)簽,以在競爭性擴(kuò)增和深度測序之前使前期樣本混合。這種簡單的、可擴(kuò)展的、便宜的方法,提高了大規(guī)模基因表達(dá)研究的實用性。
基因表達(dá)分析是臨床試驗中常用的。例如,在乳腺癌患者中,往往通過檢測腫瘤標(biāo)本中的基因表達(dá)來預(yù)測復(fù)發(fā)的可能性,以確定化療是否是有益的。Patel說,另外有研究驗證,這種高通量的方法可用來同時測量許多患者腫瘤的基因表達(dá)。最后,該方法能夠減少這種檢測的成本,使他們更加的廣泛可用。
本文資深作者Patel說:“為了得出關(guān)于復(fù)雜基因表達(dá)模式的有意義的結(jié)論,通常需要對大量的臨床或?qū)嶒灅悠愤M(jìn)行統(tǒng)計分析。我們相信,這項新技術(shù)將有助于此類工作的開展。我們很興奮,因為這種方法使得大規(guī)模RNA譜研究更加實用,并且更容易為大多數(shù)研究人員和臨床實驗室所用。”
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