1、 沒有回收到DNA片段 

（1）檢查漂洗液是否按瓶身標(biāo)簽注明的，加入了指定體積的無水乙醇。

（2）凝膠膠塊溶膠不徹底，導(dǎo)致DNA沒有釋放出來，凝膠附在吸附柱表面致使回收率極低，甚至沒有回收片段。

（3）上樣的DNA總量較少。吸附柱總會(huì)殘留部分DNA，如果上樣量過少，回收到的DNA就會(huì)過少，甚至沒有。

2、回收率偏低

（1）溶解DNA的緩沖液與吸附柱接觸時(shí)，只有當(dāng)溶液的pH 值處于酸性狀態(tài)時(shí)，才能達(dá)到理想的吸附效果。溶膠液的pH 值一般在6左右，而瓊脂糖凝膠偏堿性。當(dāng)膠塊加入溶膠液后，溶膠液的pH 值必然會(huì)受到影響，如果膠塊過大時(shí)，pH 值升高就更大，DNA回收率就會(huì)降低。所以，盡可能降低膠塊體積可以避免回收率偏低。

（2）電泳緩沖液如果長(zhǎng)時(shí)間使用，沒有更換，其pH 值會(huì)偏高，將影響DNA 的吸附。請(qǐng)更換新的電泳緩沖液后，再進(jìn)行電泳，然后切膠。

（3）回收的DNA片段的大小對(duì)回收率的影響也是差異較大的。一般情況下300-200bp以下的小片段，回收率就會(huì)下降，且片段越小，回收率降低越明顯。大的DNA片段，比如4-5kb以上的，回收率也會(huì)下降明顯。遇到類似片段時(shí)，

   1）增加回收總量；

   2）將2-3管溶膠液并入一個(gè)吸附柱；

   3）洗脫液進(jìn)行數(shù)次循環(huán)洗脫

（4）洗脫體積偏少時(shí)，回收率會(huì)明顯降低。可以根據(jù)試劑盒說明書的要求加入合適的洗脫體積。在進(jìn)行洗脫前，將洗脫液于30～60℃溫浴，可提高洗脫效率。

（5）膠塊體積加入偏大或是溶膠不徹底都可能使回收率極大降低。降低膠塊體積或是增加溶膠液體積，同時(shí)徹底溶膠會(huì)改善回收率。