1、 沒有回收到DNA片段 

（1）檢查漂洗液是否按瓶身標簽注明的，加入了指定體積的無水乙醇。

（2）凝膠膠塊溶膠不徹底，導致DNA沒有釋放出來，凝膠附在吸附柱表面致使回收率極低，甚至沒有回收片段。

（3）上樣的DNA總量較少。吸附柱總會殘留部分DNA，如果上樣量過少，回收到的DNA就會過少，甚至沒有。

2、回收率偏低

（1）溶解DNA的緩沖液與吸附柱接觸時，只有當溶液的pH 值處于酸性狀態時，才能達到理想的吸附效果。溶膠液的pH 值一般在6左右，而瓊脂糖凝膠偏堿性。當膠塊加入溶膠液后，溶膠液的pH 值必然會受到影響，如果膠塊過大時，pH 值升高就更大，DNA回收率就會降低。所以，盡可能降低膠塊體積可以避免回收率偏低。

（2）電泳緩沖液如果長時間使用，沒有更換，其pH 值會偏高，將影響DNA 的吸附。請更換新的電泳緩沖液后，再進行電泳，然后切膠。

（3）回收的DNA片段的大小對回收率的影響也是差異較大的。一般情況下300-200bp以下的小片段，回收率就會下降，且片段越小，回收率降低越明顯。大的DNA片段，比如4-5kb以上的，回收率也會下降明顯。遇到類似片段時，

   1）增加回收總量；

   2）將2-3管溶膠液并入一個吸附柱；

   3）洗脫液進行數次循環洗脫

（4）洗脫體積偏少時，回收率會明顯降低。可以根據試劑盒說明書的要求加入合適的洗脫體積。在進行洗脫前，將洗脫液于30～60℃溫浴，可提高洗脫效率。

（5）膠塊體積加入偏大或是溶膠不徹底都可能使回收率極大降低。降低膠塊體積或是增加溶膠液體積，同時徹底溶膠會改善回收率。